医学上有两项创新性成就:(1)运用现代医学及分子生物学研究方法,证明了中药能逆转肝纤维化及早期肝硬化,发明了抗肝纤维化中药“复方861”,使肝纤维化的逆转率在肝硬化前期及早期肝硬化达到75%-82%。取得了突出成就。(2)通过二十余年临床实践,研究感染性多脏衰的动态、分期诊断标准和多脏衰的主要中医证型、治则和方剂,提高了抢救成功率,使感染并发多脏器功能不全的病死率,从1985年以前的50%下降到90年代的26.9%,其中多脏器衰竭病死率按美国标准计为50.9%,明显低于国外的62.5%,达到国际先进水平。
此两项研究共获国家级、部级奖7项,市级奖10项,局级奖14项,共31项。王宝恩教授学识渊博,治学严谨,学风正派,医德医风好,得到国内外医学界承认和高度赞誉。他重视青年人才的培养,培养了博士生17名,硕士生17名。发表论文100余篇,主编4部专著。